Comparative Analysis of Strategies for De Novo Transcriptome Assembly in Prokaryotes: Streptomyces clavuligerus as a Case Study

نویسندگان
چکیده

برای دانلود رایگان متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

Clustering of Short Read Sequences for de novo Transcriptome Assembly

Given the importance of transcriptome analysis in various biological studies and considering thevast amount of whole transcriptome sequencing data, it seems necessary to develop analgorithm to assemble transcriptome data. In this study we propose an algorithm fortranscriptome assembly in the absence of a reference genome. First, the contiguous sequencesare generated using de Bruijn graph with d...

متن کامل

clustering of short read sequences for de novo transcriptome assembly

given the importance of transcriptome analysis in various biological studies and considering thevast amount of whole transcriptome sequencing data, it seems necessary to develop analgorithm to assemble transcriptome data. in this study we propose an algorithm fortranscriptome assembly in the absence of a reference genome. first, the contiguous sequencesare generated using de bruijn graph with d...

متن کامل

esp needs analysis of iranian ma students: a case study of university of isfahan

نیاز سنجی دانشجویان کارشناسی ارشد ایرانی در رابطه با زبان تخصصی: مطالعه ای در دانشگاه اصفهان هدف از این مطالعه بررسی نیازهای یادگیری زبان خارجی دانشجویان کارشناسی ارشد دانشجویان دانشگاه اصفهان در رشته های زیست شناسی، روانشناسی، تربیت بدنی، حسابداری و فلسفه ی غرب میباشد. در مجموع 80 دانشجودر پنج رشته ی متفاوت از دانشگاه اصفهان در این پژوهش شرکت داشتند.علاوه بر این هشتاد دانشجو،25 استاد دروس ت...

15 صفحه اول

De Novo Assembly and Transcriptome Analysis of Contrasting Sugarcane Varieties

Sugarcane is an important crop and a major source of sugar and alcohol. In this study, we performed de novo assembly and transcriptome annotation for six sugarcane genotypes involved in bi-parental crosses. The de novo assembly of the sugarcane transcriptome was performed using short reads generated using the Illumina RNA-Seq platform. We produced more than 400 million reads, which were assembl...

متن کامل

De novo transcriptome assembly with ABySS

MOTIVATION Whole transcriptome shotgun sequencing data from non-normalized samples offer unique opportunities to study the metabolic states of organisms. One can deduce gene expression levels using sequence coverage as a surrogate, identify coding changes or discover novel isoforms or transcripts. Especially for discovery of novel events, de novo assembly of transcriptomes is desirable. RESUL...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ژورنال

عنوان ژورنال: High-Throughput

سال: 2019

ISSN: 2571-5135

DOI: 10.3390/ht8040020